2000年原华中理工大学、原同济医科大学、原武汉市城市建设学院和原科技部干部管理学院合并为“华中科技大学”后，设立了华中科技大学同济医学院后勤与资产管理办公室，简称“后资办”。主要职能是负责同济校区的资产管理，包括仪器设备的采购、校区各类维修工程及新建工程。

2005年6月，学校机构调整，将原华中科技大学同济医学院后勤与资产管理办公室一分为二，将原资产管理职能及人员划归合并到实验室与设备管理处，后勤职能及人员划归合并到基建与后勤管理处，同时下设成立“基建与后勤管理处同济校区办公室”。

2010年11月，学校对同济校区管委会行政机构及其相关职能进行调整，将原基建与后勤管理处同济校区办公室、华同总公司房产管理中心、住房与制度改革办公室同济办的职能和人员合并，成立“同济校区总务办公室”。

2013年3月，学校对医学院行政机构再次调整，华中科技大学同济校区总务办公室更名为“同济医学院总务办公室”。

2014年2月，学校为进一步加强医学教育管理体制改革，对医学院行政职能部门进行深化调整，同济医学院总务办公室更名为“华中科技大学医学总务处”。